陈水扁在位8年，在他第二任后期，有关他和家人敛财手法才逐一曝光，但很多罪证已遭湮灭。媒体报道2008年政权交接前夕，“总统府”购置很多台碎纸机，作何用途不得而知。换言之，要打击陈水扁贪腐案，对特侦组本就是难度很高的挑战。
吴文忠接受访问时指出，特侦组的侦办战略很简单，就是实力原则，当有足够的证据就声押被告，防止串供；若无充足证据，但被告居关键角色时，就以“怀柔”对应，换取对方合作，以“红火案”遭通缉的前中信金控副董事长辜仲谅为例，他滞日不归，特侦组检察官越芳如赴日游说，谈好返台受审条件，辜因而回台供出许多内情，但其备受礼遇的侦讯过程，也让外界议论纷纷。
扁案被告、前新光医院副院长黄芳彦去年11月离台赴美，至今下落不明，特侦组原想循辜仲谅模式策动黄返台，但过程并不顺利。
扁家涉及的洗钱、SOGO案，甚至最近震动台北政坛的军中卖官案等，都有黄芳彦穿针引线的影子。黄自知法网难逃，抢在特侦组约谈前离境。吴文忠指出，特侦组透过黄一位友人和黄联络上，本想对其采取怀柔手段，把他当“友性证人”。事实上，黄在美过得颇逍遥自在，媒体甚至还捕捉到他与美女出双入对的画面，但这只是表象。吴文忠透露，黄芳彦罹患忧郁症，在极大心理压力下，一度闹自杀，后来还是靠做过观护人、对被告心理有相当程度了解的越芳如出面开导，才让黄打消轻生念头。
黄芳彦赴美之初，并非就打算一去不回，因为他买的是来回机票。吴文忠指出，黄芳彦人在美国，台湾司法机构对他无可奈何，既不能拘捕，也无法引渡，在毫无筹码的情况下，只能动之以情。黄也曾释出善意，吐露他办公室西装藏有一批吴淑珍的珠宝钻石，后经专家鉴定，该首饰价值高达1亿多新台币。此前，特侦组也曾对黄进行搜索，发现他有100多套西装，但未搜西装，所以并未有重大发现。
刚开始特侦组跟黄芳彦之间的互动还算不错，但台湾媒体坏了大计。吴文忠指出，媒体将特侦组对黄芳彦的礼遇解读为放水，并称黄为“帝王证人”。电视谈话节目中，名嘴一口咬定是“检察总长”陈聪明纵放，对特侦组严加挞伐，因为黄曾宴请过陈，两人素有交情。媒体打草惊蛇，让黄更不敢返台，迫使特侦组对滞美不归的黄发布通缉。吴文忠失望表示，“通缉等于帮阿扁，黄芳彦绝对不回来了”。
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